카야는 남들처럼 평범해지기를 꿈꾸지만, 홀로 남겨지자 크게 상심한다. 자신만의 길을 찾기로 결심한 그녀는 거대하고 신비로운 몸속 세계로 용감하게 뛰어든다. 여정 중 까칠하지만 고결한 아벨 장군을 구해낸 카야는 그와 뜻밖의 우정을 쌓게 되고, 몸속에 닥친 위기 앞에서 힘을 합쳐 자신들의 집, 몸을 지켜내려 한다. 인체 내부라는 기발한 세계관을 바탕으로, 남들과 다르다는 것이 사실은 가장 빛나는 자신만의 특별함이라는 것을 깨달아가는 세포 소녀의 유쾌한 모험을 그린다.